Seçilen Bitkisel Aktif Moleküllerin Nükleobazlar ve Bazı Nükleotid Dizilimleriyle Etkileşimlerinin Biyoinformatik ve Moleküler Modelleme Yöntemleriyle İncelenmesi
Proje no. 20886 · Durum: Kapanmış · 2019
Özet
Bu çalışmasında, bitkisel aktif molekül olan Luteolin molekülü ile nükleoidler (dAMP, dCMP, dGMP ve dTMP) arasındaki etkileşimlerin bağlanma bölgeleri, enerjileri ve konformerlerindeki değişikliklerin incelenmesi ve Luteolin ile nükleotid dimerlerinden elde edilen sonuçlar doğrultusunda sistematik olarak miR-155 ile Luteolin arasındaki etkileşimlerin bağlanma bölgelerinin saptanması amaçlanmıştır. Hesapsal çalışmada, öncelikle Luteolin ve nüklotidlerin detaylı konformasyonel analizi yapılmıştır. Konformasyonel analizden elde edilen konformerler su fazında ?B97XD/6-31+G(d,p) seviyelerinde optimizasyon prosedürleri kullanılarak elektronik enerji hesaplanmıştır ve en kararlı yapılar belirlenmiştir. Luteolin molekülü ile nükleotid molekülleri arasındaki kompleks oluşumları belirlenerek, kompleksler arasındaki bağlanma bölgeleri, kuvvetleri ve aralarında meydana gelen yük geçişleri hesaplanmıştır. Nükleotidler arasında en kararlı Luteolin-dCMP kompleksi olarak bulunmuştur. Deneysel çalışmada ise, Luteolin, dCMP ve Luteolin-dCMP kompleksi’nin UV/Vis spektroskopisi, floresans spektroskopisi ve voltametri ölçümlerin yapılarak deneysel ve hesapsal veriler karşılaştırlmıştır. Ayrıca, biyolojik modellerde bu kapsamda Lutolin molekülü ile miR-155 dizisi olası etkileşim bölgeleri için öneride bulunulmuştur.