Göğüs Radyolojisi Veri Setinin (MIMIC-CXR) Ontoloji Destekli ve Derin Öğrenme Tabanlı Dil Modelinin Geliştirilmesi
Proje no. 24110 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2023
Özet
<p>Radyoloji raporları ilgili görüntünün belirli standartlarla kayıt altına alınmasının yanı sıra alan uzmanları tarafından görüntü(ler)e göre hazırlanmış doğal dilde metin dosyalarını da içermektedir. Yapılandırılmamış bu tıbbi raporlardan bilgi edinmek yine doktorların metin dosyalarını okumalarıyla manuel olarak gerçekleşmektedir. Otonom uygulamaların bilgi teknolojilerinin vaat ettiği gerekli zamanı ve maliyeti düşürücü etkileri; her alanda olduğu gibi sağlık alanında da bu uygulamaların hızla yaygınlaşmasına neden olmuştur. Bu kapsamda ilk örnekler arasında radyoloji görüntülerinin makine öğrenmesi yöntemleriyle işlenmesi de yer almıştır. Ancak metinsel raporlarda yer alan bilgilerin işlenmesi sözdizimsel, anlamsal ve söylem bazında zorluklar nedeniyle son yılların araştırma alanları arasında yer almaya başlamıştır. Proje kapsamında MIT tarafından hazırlanmış olan MIMIC-CXR veri setinde sunulan altmış binden fazla hastanın anonimleştirilmiş açık kaynak göğüs radyolojisine ait metin raporları üzerinde doğal dil işleme ve ontoloji tabanlı bir analiz gerçekleştirilecektir. Günümüzde doğal dil işlemede BERT, RoBERTa, ALBERT gibi dil gösterim modelleri analizde oldukça sık kullanılmaktadır. Bundan dolayı MIMIC-CXR veri setinde bulunan belli hastalıkların çıkarılmasıyla bu hastalıkların dil gösterim modelleri kullanılarak raporlardan otomatik olarak çıkarılması amaçlanmaktadır. Doğal dil işlemeye ek olarak MIMIC-CXR için bir göğüs radyoloji ontoloji geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Bu ontolojiye göre hastalıklara ait ilişkiler çıkarılarak, metinsel raporlardan hastalıkların tespitine yönelik analiz gerçekleştirilecektir. Ayrıca geliştirilen ontolojiye göre otomatik olarak etiketlenecek metinsel radyoloji raporları, makine öğrenmesi algoritmaları kullanılarak dil modelleriyle eğitilecektir. Proje kapsamında geliştirilmiş bu hibrit sistemin de analizleri geliştirilecektir. Tüm aşamalarda alan uzmanı tarafından bu analizlerin geçerliliği kontrol edilecek ve doğrulanacaktır.</p>