Kayın mantarı Pleurotus ostreatus genomunda ABC proteinlerinden MDR alt ailesinin biyoinformatik analizi ve ifade profili
Proje no. 20023 · Durum: Kapanmış · 2018
Özet
Hücre zarında birçok farklı metabolik yolu kontrol eden yapılardan biri olan ve en büyük protein ailelerinden birini oluşturan ATP bağlayan kaset taşıyıcı proteinleri (ABC) ATP enerjisini kullanarak madde taşınımında görev alırlar. ABC proteinleri, ATP'yi hidrolize ederek biyolojik işlevlerini yerine getirmeleri için gereken enerjiyi sağlar. Ayrıca ABC taşıyıcıları olarak bilinen ABC proteinlerinin büyük bir kısmı, biyolojik membranlar boyunca çeşitli substratların taşınmasında rol oynamaktadır. Çözünür ABC proteinleri transmembran taşınmasına dahil değildir, ancak hücresel süreçlerde, örneğin ribozom biyojenezi ve mRNA translasyonunda önemli bir rol oynamaktadır. ABC proteinlerinin bir alt ailesi içerisinde yer alan çoklu ilaç direnci (MDR) alt ailesi, antimikrobiyal peptitler, lipit taşınması, feromon taşınması, mitokondriyal porfirin alımı, çoklu ilaç dayanıklılığı, ökaryotik peptit taşınması, antijenlerin işlenmesi, oksidatif stresden korunma, ağır metal dayanıklılığı, v.b. olaylarda rol oynamaktadır. Bu çalışmada kayın mantarı (Pleurotus osteradus) genomunun biyoinformatik analizi ile 8 tane MDR protein kodlayan gen (PoMDRs) belirlenmiş ve bu genlerin kodladığı proteinler ile filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Ayrıca ilk defa sap ve şapkada PoMDR genlerinin ifade seviyeleri belirlenmiştir. Bu çalışmada elde edilen bulgular doğrultusunda PoMDR2, PoMDR3, PoMDR7 ve PoMDR8 genlerinin paralel ifade gösterdikleri, bunun yanında da fibrik proteinlerin biyosentezi ve gerekli birimlere taşınmasında görev alabilecekleri sonucuna varılmıştır. Bununla birlikte PoMDR1, PoMDR5 ve PoMDR7’nin ise nukleusla ilişkili sinyal metabolizmasında feromon taşınmasında görev alabileceği kanısına varılmıştır. Sonuçlar ayrıca tespit edilen genlerin çoğunun özellikle B12 vitamininin taşınmasında görev aldığığını düşündürmektedir.