Akciğer Kanserinde Biyobelirteç Adayları Olarak Circular RNAların Tanımlanması
Proje no. 22814 · Durum: Kapanmış · 2021
Özet
Akciğer kanseri, dünya çapında en sık görülen malignite olup, kanser ölümlerinin en önde gelen nedenleri arasında yer almaktadır. Günümüzde akciğer kanseri tedavisinde cerrahi, radyoterapi ve kemoterapi rejimlerinin çeşitli kombinasyonlarıyla multimodal bir yaklaşım uygulanmaktadır. Kanserin kompleks bir mekanizmaya sahip olması hem hastalığın tanısında hem de tedavi yönetiminde yetersizliklere ve zorluklara neden olmaktadır. Bu nedenle hastalığın erken tanısında ve tedavi takibinde kullanılabilecek biyobelirteçlere önemli bir oranda gereksinim bulunmaktadır. Halkasal RNA (circRNA)'lar gen ekspresyon düzenlenmesinde ve biyolojik mekanizmaların gelişiminde önemli rol oynamaktadır. Aynı zamanda circRNA'ların, 3' ve 5' polar uçları olmayan kovalent olarak kapalı dairesel ve RNAaz enzimlerine dirençli bir yapıları bulunmaktadır. Bu özellikleri nedeniyle vücut dokularında ve sıvılarında stabil olarak bulunabilirler. Bu nedenle kanserin teşhisinde, terapötik yanıtın izlenmesinde ve prognoz takibinde potansiyel biyobelirteçlerdir. Tez çalışmamızda, akciğer kanseri tedavisinde circRNA moleküllerinin ekspresyon düzeylerini araştırarak biyobelirteç olma potansiyeli taşıyanların tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için küçük hücreli olmayan akciğer kanseri hücre hattı olan A549 hücreleri kullanılmıştır. Bu hücre hattında karboplatin ve pemetrekset ilaç tedavisi uygulanarak 169 circRNA’nın ekspresyon seviyeleri ve bu seviyelerdeki değişiklikler araştırılmıştır. Öncelikle bu ilaçların sitotoksite testleri yapılarak IC50 değerleri tespit edilmiş ve A549 hücre hattında tek tek ve kombine tedavi uygulanmıştır. İlaç uygulaması sonrası elde edilen hücrelerden total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Tasarlanan primer dizileri ile RT-qPCR yöntemiyle hedef circRNA genlerinin ekspresyon miktarları belirlenmiştir. Sonuç olarak karboplatin, pemektekset ve kombine ilaç uygulamaları akciğer kanser hücrelerinde bulunan bazı circRNA’ların ekspresyon seviyelerinde değişiklik yaparken, bazı circRNA’lar tedavi sonrası eksprese olmuşlardır. Özellikle tedavi takibinde ve yönetiminde bazı circRNA’ların biyobelirteç adayları olabilme potansiyelleri tespit edilmiştir. Bu circRNA adayları üzerinde detaylı incelemeler yapılması, in vivo ve insan örnekleri ile desteklenmesi gerekmektedir.