Sarkozin molekülü için geliştirilmiş olan aptamerlerin moleküler modelleme ile kısaltılarak daha küçük işlevsel dizilerin sarkozin analizinde değerlendirilmesi
Proje no. 24032 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2022
Özet
<p>Bu proje kapsamında prostat kanserinin belirteçlerinden biri olarak kabul edilen sarkozin molekülü için <em>in vitro</em> seçilim yolu ile geliştirilmiş olan aptamer dizilerinde yer alan kısa bölgelerin model sistemler olarak kullanılarak sarkozine olan afinitesindeki değişimlerin belirlenmesi için, hesapsal yöntemlerinin kullanılması ve bu şekilde önerilecek olan afinitesi daha yüksek olan kısaltılmış dizilerin ileriki sarkozin analizleri için değerlendirilmesi amaçlanmaktadır. Nükleik asit aptamerleri tek zincirli DNA veya RNA molekülleridir. Aptamer seçiliminde yaygın olarak SELEX yöntemi kullanılmakta ve bu yöntem ile farklı nükleotid uzunluklarında aptamerler başlangıç kütüphanesinin uzunluğuna göre belirlenmektedir. <em>In vitro</em> aptamer seçiliminde genellikle aptamerin geliştirildiği analite olan afinitesi seçilim prosesi bittikten sonra deneysel olarak belirlenmektedir. Bu afinite belirleme sürecinde elde edilen aday aptamer dizilerinin SELEX çalışmalarının PCR aşamasında çoğaltılması için kullanılan primer bağlanma dizileri ile birlikte ve bu diziler olmaksızın analite olan afinitesinin belirlenmesi gerekmektedir. Sadece primer bağlanma bölgelerinin değil aptamerin belirli kısaltmalarla daha farklı bağlanma özellikleri de sergilediği bilinmektedir. Ancak deneysel yöntemlerle aday bir aptamer dizisinin hangi baz uzunluğunda ve hangi bağlanma bölgeleri üzerinden işlev gösterdiğini belirlemek için tek bir aptamer adayı için dahi bir çok olasılığın deneysel olarak ele alınması gerekmektedir. Bu olasılıkları sınırlandırarak hem olası analit bağlanma bölgelerinin tanımlanması hem de yüksek afinite potansiyeli sergileyen dizilerin belirlenmesi için hesapsal yöntemlerin kullanımı zaman ve maliyet açısından büyük bir avantaj sağlamaktadır.</p><p><br></p><p>Sarkozin aptamerleri için moleküler modelleme yöntemleri ile kısaltma yaklaşımı ilk kez bu proje kapsamında gerçekleştirilecektir. Proje kapsamında sarkozin aptamerlerinin kısaltılması için oluşturulacak yenilikçi hesapsal yaklaşımların literatüre ilgili alanda değerli katkılar sağlaması ve elde edilen verilerin ileriki çalışmalarda küçük moleküller ile aptamer dizilerinin etkileşim profillerinin aydınlatılmasının önünü açması beklenmektedir.</p>