BİYOKONTROL AJANI TRİCHODERMA TÜRLERİNİN FİLOGENETİK ÇEŞİTLİLİK ANALİZLERİ
Proje no. 700 · Durum: Kapanmış · 2015
Özet
Bu çalışmada Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü Küf Kültür Koleksiyonunda yer alan ve biyolojik mücadele etmeni olduğu bilinen 11 adet Trichoderma genusuna ait türün moleküler identifikasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Trichoderma'nın iki farklı gen bölgesine (Internal Transcribed Spacer (ITS) ve Elongation Factor (EF)) özgü primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile bu gen bölgeleri çoğaltılmıştır ve daha sonra PZR ürünleri sekanslanmıştır. ITS ve EF gen bölgelerine ait baz dizileri BLAST program kullanılarak NCBI-GenBank'daki kayıtlı baz dizileri ile karşılaştırıldıktan sonra izolatlar T. citrinoviride (n=6) ve T. atroviride (n=5) olarak belirlenmiştir. NCBI-BLAST sonuçlarını doğrulamak amacıyla TrichOKEY ve TrichoBLAST programları/araçları kullanılmıştır. Türlerin belirlenmesinin ardından, iki farklı gen bölgesine ait nükleotid dizileri NCBI-GenBank’a kayıtlanarak accessiyon numaraları alınmış ve bu nükleotid dizileri kullanılarak türlere ait filogenetik ağaçlar MEGA v.6. programı ile çizilmiştir. Bu çalışma T. citrinoviride (n=6) and T. atroviride (n=5) nin ITS ve EF genlerine ait nükleotid sekanslarındaki polimorfik bölgelerini tanımlamaktadır. Böylece T. citrinoviride ve T. atroviride ya özgü yeni primerler tasarlanabileceklerdir. Sonuç olarak Trichoderma spp. moleküler tanımlanması için hızlı ve düşük maliyetli yenilişçi yaklaşımlar gerçekleştirilebilecektir.