Kültür mantarında yeşil küf hastalık etmeninin Trichoderma spp neden olduğu transkriptom değişimi belirlenmesi
Proje no. 20953 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2020
Özet
Mantar yetiştiriciliğinde karşılaşılan en yaygın hastalıklardan biri, Trichoderma farklı türlerinin neden olduğu yeşil küf hastalığıdır. Yeşil küf hastalık etmeni Trichoderma spp., Agaricus bisporus, Pleurotus spp., mantarlarının veriminde ve kalitesinde önemli ekonomik kayıplara neden olur.<br /> Bu araştırma projesi ile öncelikle ülkemizde kültür mantarı yetiştiriciliğinde yaygın olarak görülen ve önemli kayıplara neden olan yeşil küf hastalık etmeni Trichoderma türleri hem morfolojik hem de moleküler düzeyde tanımlanacaktır. Bu amaçla Ege, Marmara, İç anadolu, Güneydoğu Anadolu ve Akdeniz bölgelerinde yer alan mantar işletmelerinden yeşil küf hastalığı semptomu gösteren kompostlardan izole ettiğimiz Trichoderma izolatları kullanılacaktır. Moleküler düzeyde tanımlanan Trcihoderma türleri, A. Bisporus inokülasyonunda kullanılarak misel ve şapka gelişimi sırasında hastalık semptomları açısından skorlanacak ve en agresif streyn A.bisporus enfekte etmekte kullanılacaktır. RNA-seq analizi ile yeşil küf etmeninin kültür mantarında meydana getirdiği transkriptom değişimi tespit edilecektir. RNA-seq analizi ile Trichoderma türlerine karşı ekspresyonları artan ve azalan genler belirlenecektir. Biyoinformatik analizler ile belirlenen hedef genleri tespit edilerek hastalık mekanizmasının aydınlatılmasında çok önemli bir aşama gerçekleştirilmiş olacaktır. Bu tespit edilen genlerden 10 adet seçilerek real-time PCR yöntemi analizi ile RNA-seq, analiz sonuçları doğrulanacaktır. Böylece hem yeşil küf hastalığının ortaya çıkmasını sağlayan genler tespit edilmiş olacaktır. Bu çalışmanın çıktıları özel sektör arge çalışmaları için bir temel araştırma özelliği taşımasının yanı sıra elde edilen veriler antifungal kimyasal dizaynında doğrudan kullanılabilecektir.<br />