HLA doku tiplendirmesinde çözünürlüğü arttırılmış SSO PCR testlerinin etkinliğinin değerlendirilmesi
Proje no. 31968 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2023
Özet
<p>Major histokompatibilite kompleksi (MHC) insan genomunda en çok çeşitlilik gösteren genler arasındadır. İmmun sistemin düzenlenmesinde çok önemli rolleri bulunmaktadır. Solid organ ve kök hücre nakilleri öncesinde doku uygunluğunun belirlenmesi greft ömrünün ve hasta sağ kalımının uzaması açısından gereklidir. Böbrek naklinin ilk yapıldığı yıllarda HLA-A, B ve DRB1 genlerinin uygunluğunun düşük çözünürlüklü değerlendirilmesi yeterli olmuştur. HLA gen sistemindeki çeşitliliğin daha iyi anlaşılması ve post-transplant izlemlerle artan tecrübeler ışığında daha fazla sayıda gen ve daha yüksek çözünürlüklü HLA tiplendirme sonuçlarına ihtiyaç olduğu anlaşılmıştır. Hastalarda nakil sonrası greft üzerinde bulunan verici antijenlerine karşı oluşan antikorlar greft reddine neden olur. </p><p>Ülkemizde solid organ nakillerinde düşük çözünürlüklü testler kullanılmaktadır. Yüksek çözünürlüklü testler maliyetleri ve teknik zorlukları nedeniyle yaygın değildir. Çözünürlüğü arttırılarak geliştirilmiş olan SSO PCR kitlerinin teknik uygulama açısından düşük çözünürlüklü testlerden herhangi bir farkı bulunmamaktadır. Maliyet açısından sekans yöntemlerine göre avantajlıdır. Solid organ nakillerinde bu testlerin kullanılmasıyla daha çok sayıda hastada daha yüksek çözünürlüklü sonuçların elde edilebilir. Bu şekilde daha uygun alıcı verici eşleşmelerinin yapılarak greft ömrü artar ve transplant başarısı artar. </p><p>Laboratuvarımızda kemik iliği alıcı ve vericilerine rutin olarak yeni nesil dizileme ile HLA tiplendirme çalışılmaktadır. Bu nedenle araştırma sağlıklı kemik iliği vericileri dahil edilecektir. Ege Üniversitesi Doku Tipleme Laboratuvarına yüksek çözünürlüklü HLA tiplendirme istemiyle başvuran donör taramaları sırasında daha önceden düşük çözünürlüklü SSO-PCR ile HLA tiplendirmesi yapılmış 30 kemik iliği verici adayından elde edilen DNA örneklerinin analizleri rutin olarak yeni nesil dizileme yöntemiyle yapılacaktır. Bu örnekler yüksek çözünürlüklü SSO PCR yöntemiyle de çalışılacak ve üç yöntemin sonuçları karşılaştırılacaktır. Yüksek çözünürlüklü SSO PCR ile HLA A, B, C, DRB1 ve DQB1 olmak üzere toplam 5 allel çalışılacak ve toplam 150 allel sonucu elde edilecektir. NGS ile yüksek çözünürlüklü SSO-PCR sonuçları karşılaştırılarak testlerin birbiriyle uyumu ve varsa karasız sonuçlar % olarak belirlenecektir. Rutinde kullanılan düşük çözünürlüklü SSO PCR ile tam olarak belirlenemeyen ve NGS ile tekrar edilen örnek sayısı %1 civarındadır. Düşük çözünürlüklü SSO PCR ile iki basamaklı HLA tiplendirme sonuçları elde edilebilirken NGS ile HLA tiplendirme dört basamaklı olarak yapılmaktadır. Test edeceğimiz çözünürlüğü arttırılmış SSO PCR testi ile 500 boncuk kullanması ve daha fazla exon bölgesini kapsaması nedeniyle NGS'e yakın şekilde dört basamaklı sonuçlar elde edilebilmektedir. Her iki SSO PCR testi ile aynı iki basamaklı sonuçlar elde edilecektir. Yapılan çalışmalarda çözünürlüğü arttırılmış PCR ile dört basamaklı sonuçlarda HLA-A, B ve DRB1 için sırasıyla %88, %67 ve %30 oranında belirsizlikler çözülebilmiştir. Çalışmada esas olarak kullanacağımız yeni test ile NGS sonuçları karşılaştırılacak (NGS ile aynı sonuçların alınması beklenir) ve rutin pratiğimize katkısı değerlendirilecektir. Kullanılacak olan yeni testin maliyet etkin olması ve bir günde sonuç verebilmesi daha fazla sayıda hasta örneği için kullanılmasına olanak sağlayacaktır. Dört basamaklı yüksek çözünürlüklü sonuçlar alıcı verici uyumunun daha iyi bir şekilde değerlendirilmesini sağlayarak nakil başarısına önemli katkılar sağlar. </p>