HLA Doku Tipi Yatkınlığı Saptanmayan Ailesel Tip 1 Diyabetes Mellituslu Olgularda Tüm Ekzom Dizi Analizi İle Sorumlu Yeni Genlerin Araştırılması
Proje no. 22312 · Durum: Kapanmış · 2021
Özet
Giriş: Tip 1 diyabetes mellituslu (T1DM) olguların yaklaşık %10’unda ailesel geçiş görülür. Yatkınlığı belirleyen en önemli gen kromozom 6 üzerinde bulunan insan lökosit antijen kompleksidir (HLA). HLA genlerinde; DR3, DR4, DRB1, DQA1 ve DQB1 lokuslarındaki allellerin spesifik kombinasyonları T1DM için hem yatkınlık yapıcı, hem de koruyucu haplotipleri oluşturur. HLA dışındaki genlerde T1DM yatkınlığı ile ilişkili 50’den fazla duyarlı lokus tanımlanmıştır. Bu çalışmada HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan veya zayıf saptanan ailesel T1DM’li olgularda tüm ekzom dizi analizi ile moleküler genetik etiyolojinin araştırılması amaçlandı. Yöntem: Birinci derecede akrabaların da en az bir Tip 1 DM tanısı olan olgular çalışmaya alındı. Birinci basamakta polimeraz zincir reaksiyonu-sekans spesifik oligonükleotid (PCR SSO) yöntemi ile T1DM yatkınlığı ile ilişkili olduğu bilinen HLA DQ2 ve DQ8 lokusları araştırıldı. İkinci basamakta ise doku tiplendirilmesinde HLA DQ2 ve HLA DQ8 haplotiplerinin her ikisinin birden negatif saptanan ile HLA DQ2 negatif, HLA DQ8 pozitif saptanan ve HLA DQ2 pozitif, HLA DQ8 negatif saptanan olgularda tüm ekzom dizi analizi yöntemi ile tabloyu açıklayabilecek varyantların varlığı araştırıldı. Bulgular: Çalışmaya alınan 30 olgunun (Kız/Erkek:17/13) ortalama yaş ve diyabet süreleri sırası ile 14,9±6 ve 7,56±3.84 yıldı. 4’ünde (%16) anne ve baba arasında akraba evliliği mevcuttu. DQ2 (-) ile DQ8 (-) olan 2 olgu, DQ2 (+) ile DQ8 (-) olan 7 olgu ve DQ2 (-) ile DQ8 (+) olan 1 olgunun tüm ekzom dizi analizi verilerinin filtrelenmesi sonucunda 5 olguda 7 farklı gende 7 farklı varyant saptandı. Saptanan varyantların patojeniteleri “American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)” kriterleri doğrultusunda belirlendi. Saptanan bu 7 varyant yüksek skorlu VUS (etkinliği bilinmeyen varyant) olarak değerlendirildi. Olgu 5’te saptanan POLG genindeki mutasyona yönelik yapılan segregasyon çalışmasında olgunun annesinde ve T1DM’li erkek kardeşinde bu mutasyon saptanmıştır. Ailedeki diğer etkilenmiş bireylerde saptanan varyantlar için segregasyon çalışmaları devam etmektedir. Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan veya zayıf saptanan ailesel T1DM’li olgularda tüm ekzom dizi analizi ile 5 olguda 7 farklı gende 7 farklı varyant saptandı. Saptanan bu 7 varyant yüksek skorlu VUS (etkinliği bilinmeyen varyant) olarak değerlendirildi. Tip 1 DM gelişiminden doğrudan sorumlu non HLA genler hiçbir olguda saptanamamıştır. T1DM’nin patogenez ve tedavisine yönelik, özgün ve henüz açıklık getirilememiş genlerin varlığının tüm ekzom dizi analizi ile HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan olgularda sayı arttırılarak yapılmaya devam etmesi planlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Tip 1 Diyabet; Tüm Ekzom Dizi Analizi; HLA ; non HLA Gen , Gen , Çocuk