Seçilmiş TRAF protein varyantlarının Epstein Barr virüsü LMP1 proteini ile etkileşiminin hesapsal yöntemlerle belirlenmesi
Proje no. 30802 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2023
Özet
<p>Epstein Barr virüsü insanların %90‘ını enfekte etmektedir. Bu virüs, lenfoma, mide kanseri, nazofarenks kanserlerine sebep olduğu bilinmekte ve bazı otoimmün hastalıklarda rol oynamaktadır. Ancak, enfekte olan her birey bu hastalıklara yakalanmamaktadır ve yakalanan bireylerin belli genetik yatkınlıkları olduğu düşünülmüştür.</p><p>Epstein Barr ana onkoproteini olan ve EBV latentinde görevli olan Latent Membran Protein-1‘in (LMP1) kanser ve otoimmün hastalıklar ile ilişkili olan hücre içi sinyal yolaklarında TNF receptor associated factor (TRAF) proteinleriyle etkileştiği bilinmektedir. TRAF1, TRAF2, TRAF3, TRAF4, TRAF5 ve TRAF6 olmak üzere 6 çeşit TRAF molekülü vardır. TRAF proteinlerin ve literatürde yer alan TRAF varyantlarının LMP1 proteini ile etkileşimlerinin, virüsün bulaştığı ve bu varyantları içeren kişilerin ilerleyen zamanlarda EBV latent enfeksiyonu sebebiyle kanser, otoimmün hastalık geliştirmelerine sebep olabileceğini düşündürmüştür.</p><p>Bu çalışmada, LMP1 ile literatürde yer alan TRAF protein varyantlarının etkileşimleri hesapsal yöntemler ile incelenecektir. Bu amaç doğrultusunda, veri tabanında mevcut olan TRAF ve LMP1 protein yapıları kullanılacaktır. Belirlenen aday yapılar AMBER programında optimize edilecektir. Bu adımdan sonra TRAF1, TRAF2, TRAF3, TRAF5 ve TRAF6 proteinleri ile LMP1 proteini etkileşimleri incelenecektir. Daha sonra literatürden TRAF varyantları belirlenerek 3 boyutlu yapıları elde edilen TRAF proteinlerine belirlenen varyasyonlar uygulanacaktır. AMBER programı ile varyasyon uygulanan yapılar optimize edildikten sonra LMP1-TRAF varyant etkileşimleri incelenerek sonrasında uygun programlar ile etkileşim değerleri karşılaştırılacaktır. </p>