SARS-CoV-2 Spike Gen Bölgesi Hedef Alınarak Yönlendirilmiş Evrim Uygulaması ile Mutasyonların Oluşturulması
Proje no. 24191 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2022
Özet
<p>Tez kapsamında, sıklıkla enzim geliştirme alanında kullanılan Error-Prone PCR (ep-PCR) metodunun SARS-CoV-2 Spike gen bölgesine uyarlanması planlanmaktadır. Bu kapsamda güncel SARS-CoV-2 dizisine spesifik yenilikçi bir metodun optimize edilerek geliştirilmesi ve mutant dizilere ait gen kütüphanesinin oluşturulması hedeflenmektedir. Ep-PCR, Spike bölgesinde bulunan ve akciğere bağlanma ile direkt ilişkisi olan reseptör bağlanma bölgesi hedeflenerek gerçekleştirilecektir.</p><p>Bu işlemler için yönlendirilmiş evrim uygulamalarından ep-PCR metodu seçilmiştir. İstenilen bölgeye spesifik ama rasgele mutasyonlar meydana getirmesi ve virüsün doğal polimerizasyon reaksiyonunu simüle etme yaklaşımı yönünden, geliştirilecek ep-PCR metodunun mutasyon çalışmalarında oldukça değerli bir yer edineceği düşünülmektedir. Ep-PCR uygulamasını diğer mutasyon uygulamalarından ayıran en önemli yanı mutasyonların spesifik bir bölgede kontrollü bir rasgelelik içerisinde gerçekleşmesidir. Böylece ön görülmesi zor veya ön görülemez mutasyonların saptanmasının da önü açılmaktadır. Çalışma kapsamında gerçekleştirilecek ep-PCR yöntemine ek olarak nükleotid izolasyonu, restriksiyon enzimleri ile keserek plazmite entegrasyon ve transformasyon da kullanılacak yöntemler arasındadır.</p><p>Proje kapsamında yenilikçi bir metodun geliştirilmesi hedeflenmektedir. Bu metod geliştirilirken güncel bir SARS-CoV-2 spike reseptör bağlanma bölgesi dizisi kullanılacaktır. Geliştirilecek error-prone PCR metodunun hedef gen bölgesi üzerinde ne gibi değişimlere sebep olacağı farklı parametreler ile denetlenecek ve optimizasyonu sağlanacaktır. Geliştirilmesi planlanan metodun uygulamaya yönelik protokolleri oluşturulacaktır. Elde edilen mutasyon diziler gen kütüphanesi oluşturularak ileri çalışmalar için stoklanacaktır.</p>