Leishmania RNA virüsü içeren izolatların gen ifadelerinin değerlendirilmesi
Proje no. 23784 · Durum: Kapanmış · 2022
Özet
Zorunlu hücre içi protozoon olan Leishmania paraziti Türkiye’de kutanöz leishmaniasis ve visseral leishmaniasis olmak üzere iki klinik formda hastalık yapmaktadır. Bu hastalıklara karşı henüz bir aşı geliştirilememiş olması ve ilaçlara parazitin direnç geliştirmesi nedenleriyle ülkemiz ve bulunduğumuz coğrafi bölgede gittikçe artan bir halk sağlığıproblemidir.<br /> Leishmania endosimbiyontu olan Leishmania RNA virüsünün (LRV) Yeni Dünya türlerinde hastalık şiddetini, metastazı ve tedaviye direnci etkileyen faktörlerden biri olabileceği konusunda hipotezler vardır. Çift zincirli bir RNA virüsü olan LRV Yeni ve Eski Dünya’da sırasıyla LRV1 ve LRV2 olarak iki farklı gruba ayrılmıştır. Yakın zamanda Türkiye’deki Leishmania major ve L. tropica türlerinde de moleküler yöntemlerle saptanan LRV2’nin konak hücre ile etkileşim mekanizmasıyla virüsün hastalık sürecine olan muhtemel etkisi konusunda bilgi bulunmamaktadır.<br /> Proje önerisinin özgün değerini dünyada ilk kez tarafımızdan saptanan LRV2 içeren L. tropica suşları ile içermeyen L. tropica suşlarının transkriptomlarının ayrıntılı olarak Dünya’da ilk kez incelenerek tanı için yeni gen bölgeleri ve biyobelirteçlerin belirlenecek olması oluşturmaktadır.<br /> Proje önerisinde, Türkiye’de izole edilmiş olan virüs içeren (n=2) ve içermeyen (n=1) L. tropica suşlarının (i) transkriptom verilerinin analizlerinin yapılması; (ii) analizler sonucu elde edilen verilerin biyoinformatik analizler ile değerlendirilerek ayırıcı gen hedefleri ve farklı şekilde ifade edilen genlerin (DEG) saptanması; (iii) seçilen anlamlı biyobelirteçlerin Türkiye’den izole edilen ve virüs pozitif/negatifliği belirlenmiş çeşitli türlerden oluşan 27 suşu içeren kontrol grubunda qRT-PCR ile gen ekspresyon analizi uygulanarak karşılaştırılması ve anlamlı bulunan gen bölgelerinin Western-Blotting yöntemiyle protein düzeyinde validasyonlarının yapılması amaçlanmaktadır.<br /> Böylelikle belirlenecek biyobelirteçlerin tanı, tedavi, aşı ve prognozun belirlenmesi gibi çeşitli alanlarda kullanılabilecek olması projenin yaygın değerini oluşturmaktadır.