Pankreas kanseri hastalarında ökaryotik mikroorganizmaların 18SrRNA-gen tabanlı dijital PCR ile tespiti
Proje no. 32247 · Durum: Kapanmış · 2024
Özet
<p>Pankreas kanseri (PK), en kötü huylu tümörlerinden biri olup dünya çapında en ölümcül üçüncü kanserdir. PK'nin başlangıcı sinsidir ve çoğu hasta tanı anında zaten ileri evrededir ve sıklıkla uzak metastazlar eşlik eder. Bu kanserin kötü prognozundan sorumlu olan faktörlerden bazıları, hastalığın geç tanı alması, tarama yöntemlerinin olmaması, risk faktörlerinin bilinmemesi ve hastaların çoğunda tanı konulduktan sonra cerrahi tedavi şansının çok fazla olmamasıdır. PK'li hastalar ameliyattan sonra nispeten yüksek bir nüks ve metastaz oranına sahiptir. Bu nedenle, PK lezyonlarının erken tespiti ve tedavinin iyileştirilmesi çok kritik olup erken tanı, önlenmesi ve tedavisi için yenilikçi yaklaşımlara acilen ihtiyaç duyulmaktadır. Bunun yanında pankreas ameliyatlarından sonra önemli komplikasyonlar görülebilmekte, bunlardan dolayı hastaların kemoterapi olasılıkları ve sağ kalım oranı daha düşük olmaktadır. Bu komplikasyonlarda mikrobial içeriğin önemli olduğu bilinmektedir. Bu bulgular, mikrobiyomun komplikasyon riskine katkıda bulunan faktörler arasında olduğu ve daha fazla çalışmaya ihtiyaç olduğunu ortaya koymuştur. Dijital PCR (dPCR), bir numune içindeki mikroorganizma genlerini son derece hassas ve kantitatif bir şekilde ölçülmesini sağlayabilmektedir. Bu tekniğin yüksek hassasiyeti ve doğruluğu sayesinde teknik tekrarlara olan ihtiyaç azalır ve değerli numunelerin doğru kantitasyonuna etkili bir şekilde izin verebilir.Bu yöntem ile bakteriyel ve ökaryotik mikroorganizmlarin DNA'larıni tespit etmek ve miktarlarını belirlemek için önemli bir araç haline getirir. dPCR kullanılarak her turlu örneklerde mikroorganizmaları ölçmek için çalışmalar yapılmıştır. Bunun için 16SrRNA ile ilgili çalışmalar bulunmaktadır. Ancak, bugüne kadar kanser hastalarına ait klinik örneklerde 18SrRNA’yi dPCR ile tespit eden herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu projede pankreas karsinogenezine dair yeni bilgiler sağlamak, PK hastalarında mikroorganizmaların varlığı ve miktarını belirlemek, mikroorganizmaların tedaviye, cerrahi sonuçlara ve sürveyansa etkisini araştırmayı amaçladık. Bunun için PK hastaları ve distal koledok tümörlü hastalara ait doku örnekleri ile bu hastaların tükürük ve sağlıklı kişilerin tükürük örneklerinde 18S rDNA araştırılacaktır. Bunun için ilk defa insan housekeeping geni ile eşzamanlı olarak kullanılarak bu genleri tespit eden bir dPCR testinin validasyonunu gerçekleştireceğiz. Bu testin geliştirilmesi, insan doku örneklerinde 18SrRNA genin değerlendirilmesi yoluyla ökaryotik mikroorganizmaların PK üzerindeki potansiyel etkisini inceleyen gelecekteki çalışmalara fayda sağlayabilir. Aynı zamanda dPCR ile tükürük ve intrapankreatik 18SrRNA genlerin ile mikroorganizmaların belirlenmesi, zaman alıcı ve pahalı sekans yöntemlerine alternatif olarak genel anlamda mikroorganizma miktarını gösterebilecektir.</p>