Nörodejeneratif Hastalıklarda Transkripsiyonel Düzenleyici olarak RE1-Susturucu Transkripsiyon Faktörünün (REST) Moleküler Modelleme Yoluyla İncelenmesi
Proje no. 24211 · Durum: Kapanmış · 2022
Özet
<p>RE1-susturucu transkripsiyon faktörü (REST), epigenetik yeniden düzenlemede hedef genleri susturarak hareket eden bir transkripsiyonel baskılayıcıdır. Yapılan çalışmalar, RESTin yalnızca nörojenez ve nöronal farklılaşmada değil, aynı zamanda doğum sonrası beyin gelişimindeki kritik dönemde farklılaşmış nöronlarda da nörona özgü genlerin ana transkripsiyonel düzenleyicisi olduğunu göstermektedir.</p><p>Bu tez çalışmasında, RESTe bağlı nörolojik bozukluklarla ilişkili olan RESTin olası izoform yapıları moleküler modelleme teknikleri kullanılarak incelenecektir. Bunun için, RESTe ait izoform yapılarının bağlanma ve baskılama alanlarına ait dizi bilgisi ve varsa üç boyutlu (3D) yapı bilgisi veri tabanlarından elde edilecektir. Elde edilen bilgiler VMD programı aracılığı ile üç boyutlu yapılar haline getirilecek ve başlangıç yapıları belirlenecektir. Üç boyutlu yapılar belirlendikten sonra Amber20 programı ile hesapsal yöntemler kullanılarak yapı optimizasyonu ve veri analizi sağlanacaktır.</p>