Kolorektal kanser oluşumundan sorumlu Fusobacterium nucleatum FadA proteinini inhibe eden DNA aptameri ve tanı kitinin geliştirilmesi
Proje no. 25274 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2023
Özet
<p> Kolorektal kanser (CRC), kanser türleri arasında oldukça yaygın görülen bir türdür. Çevresel ve genetik faktörlerin yanında, <em>Fusobacterium nucleatum </em>ile kolorektal kanser oluşumu arasındaki bağlantıyı gösteren çalışmalar yapılmıştır. <em>F. nucleatum </em>ağız boşluğunda bulunan ve diş eti çekilmesi gibi farklı komplikasyonlara neden olan bir bakteridir. Ancak, kolorektal kanser dokusunda <em>F. nucleatum </em>yüksek düzeyde tespit edilmiştir. <em>F. nucleatum </em>tarafından salgılanan FadA proteini, bakterinin ağız boşluğundan uzak dokulara ulaşmasında ve kolorektal kanser oluşumunda önemli bir role sahiptir. Adhezyon proteini olan FadA’nın epitel ve endotel hücrelere bağlanması yoluyla, bakteri hücreyi invaze edebilmektedir. Bu şekilde, bakterinin plasental ve hatta kan-beyin bariyerini aşabildiği gösterilmiştir. FadA’nın hücrelere bağlanması için amiloid benzeri bir protein kompleksi oluşturması gerekmektedir.</p><p> FadA’nın kolorektal kanser oluşumundaki rolü bilinmesine rağmen, hücrelere bağlanma mekanizmasını inhibe edebilen bir molekül veya ilaç bulunmamaktadır. Önerilen proje kapsamında, bu sorunun çözümü ve enfeksiyon kaynaklı kolorektal kanser oluşumunun tedavisi için FadA’ya bağlanarak amiloid benzeri kompleks oluşumunu inhibe eden DNA aptamerlerinin geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Aptamerler, antikorlar ile benzer bağlanma özelliklerine sahip olan tek iplikli DNA veya RNA molekülleridir. Ancak, maliyet ve sentez kolaylığı açısından antikorlara üstünlük sağlamaktadırlar.</p><p> FadA proteini <em>E. coli</em> hücrelerinde rekombinant olarak üretilecek ve saflaştırılacaktır. Ardından, SELEX yöntemi kullanılarak proteine spesifik olarak ve yüksek afinite ile bağlanan DNA aptameri havuzu elde edilecektir. Aptamer havuzu içinden FadA proteinine en yüksek afinite ile bağlanan diziler hesapsal yöntemler kullanılarak taranacaktır. Aptamerlerin afinite ve protein kompleks oluşumunu inhibisyon özellikleri deneysel yöntemler ile karakterize edilecektir. Proje sonucunda, literatürde ilk kez FadA protein kompleksi oluşumunu spesifik olarak inhibe eden ve ilaç potansiyeline sahip DNA aptameri elde edilecektir.</p>