Plazmid DNA Saflaştırılması için Cam Elyafı Temelli Yerli Kit Geliştirilmesi
Proje no. 29658 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2023
Özet
<p>Plazmid izolasyonu, moleküler biyoloji ve diğer yaşam bilimleri araştırmalarında sıklıkla uygulanan bir yöntemdir. Halihazırda kullanılan plazmid DNA (pDNA) izolasyon yöntemlerinin amacı yüksek saflıkta ve verimde plazmid elde etmektir. Maliyet açısından daha uygun olan manuel yöntemler, özellikle klonlama ve memeli hücre transfeksiyonu gibi uygulamalar için istenen saflığı elde edemeyebilir. Ayrıca, pDNA saflaştırması için en yaygın manuel yöntem olan fenol-kloroform-izoamil alkol (PCI) ekstraksiyonunda kullanılan kimyasallar toksik ve çevreye zararlı olduğundan, kullanımından kaçınılmaktadır. Bu nedenle, mikrobiyoloji, moleküler biyoloji, biyoteknoloji, immünoloji gibi birçok ilgili alandaki araştırmacı tarafından, yüksek saflıkta pDNA izolatları veren ticari kitler tercih edilmektedir. Ancak, büyük çoğunluğu ithal olan ticari kitlerin kullanımı, yüksek maliyet nedeniyle ülkemizde araştırma bütçesinin kullanımı açısından dezavantaj oluşturmaktadır. Bu proje önerisinde, belirtilen dezavantajın ortadan kaldırılması için, yaşam bilimleri araştırmalarında kullanılmak üzere, yerli üretimi yapılabilecek mini, midi ve maksi ölçekte pDNA izolasyon kitlerinin geliştirilmesini önermekteyiz. </p><p>Mevcut pDNA izolasyon kitleri silika partiküllere veya silika membranlara dayanmaktadır. Önerdiğimiz modelde kolon formatında ve tüp formatında olmak üzere iki şekilde uygulanabilen, cam elyaf malzemeye dayalı pDNA izolasyon kiti geliştirilecektir. Bu malzemenin maliyeti, hali hazırda kullanılan silica temelli kolonlara göre çok daha düşüktür. Daha önce pDNA izolasyonu amacıyla kullanıma sunulmuş bir ürün örneği bulunmamaktadır. Laboratuvar ölçeğinde gerçekleştirdiğimiz ön çalışmalar kapsamındaki pDNA izolasyonlarında, cam elyafı ile tasarlanmış laboratuvar prototipi izolasyon kolonlarının kullanımı test edilmiş, çeşitli laboratuvar uygulamaları için uygun saflıkta ve verimde izolasyon sağladığı belirlenmiştir. Bu nedenle, kullanımdaki kitlerle karşılaştırıldığında maliyet açısından avantajlı olması beklenen bu kitlerin, ithal ticari kitlere olan bağımlılığı azaltacağı öngörülmektedir. Halen ülkemizde yerli olarak üretimi olan 1 adet mini ölçek ticari kit bulunmaktadır. Geliştirilecek ürünler ile, farklı araştırma alanlarında yaygın bir kullanıma sahip plazmid izolasyon kitlerinin, ithallere göre maliyet avantajına sahip olarak yerli üretimine katkıda bulunulacaktır.</p>