KARBAPENEM DİRENÇLİ KLEBSİELLA PNEUMONİAE SUŞLARINDA KARBAPENEMAZ VARLIĞININ MALDİ-TOF MS (MATRİX-ASSİSTED LASER DESORPTİON IONİZATİON - TİME OF FLİGHT MASS SPECTROMETRY) İLE ARAŞTIRILMASI VE REAL-TİME PCR YÖNTEMİ İLE KARŞILAŞTIRILMASI.
Proje no. 56 · Durum: Kapanmış · 2016
Özet
Amaç: Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae enfeksiyonları tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de en önemli sağlık sorunlarından birisi olup bu enfeksiyonlarının mortalite ve morbiditesi oldukça yüksektir. Karbapenem dirençli Enterobacteriaceae; DSÖ’nün oluşturduğu, insan sağlığı için ciddi tehdit oluşturan antibiyotiğe dirençli "öncelikli patojenler" listesinin en üst sıralarında yer almaktadır. Bu çalışmada, karbapenemaz aktivitesini kısa sürede saptama amacıyla MALDI-TOF MS’in kullanımına yönelik bir yöntem geliştirilmesi ve geliştirilen yöntemin duyarlılık ve özgüllük değerlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Ayrıca hastanemizde soyutlanan karbapenem dirençli K. pneumoniae kökenlerinde direnç gen dağılımlarının real time PCR kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ocak 2017- Şubat 2019 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Hastanesi Bakteriyoloji Laboratuvar’ında kan kültürlerinden soyutlanıp, stoklanmış olan 74 adet K. pneumoniae kökeni çalışmaya dahil edildi. Pozitif kontrol olarak Klebsiella pneumoniae NCTC 13438, negatif kontrol olarak Escherichia coli ATCC 25922 kullanıldı. Kökenlerin öncelikle imipenem, meropenem ve ertapenem gradient test (BioMérieux, Fransa) ile MİK değerleri belirlendi. Daha sonra kökenlerde real time PCR (BD MAX™ CRE Assay, BD Diagnostic Systems, Kanada) ile blaKPC, blaOXA-48 ve/veya blaNDM araştırıldı. Tüm kökenlerde karbapenemaz aktivitesinin MALDI-TOF MS (BioMérieux, Fransa) ile araştırılmasında ertapenem kullanılarak bir yöntem geliştirildi. PCR ile karşılaştırılarak MALDI-TOF MS ertapenem hidroliz testinin ikinci ve dördüncü saatlerdeki duyarlılık ve özgüllüğü belirlendi. Bulgular: Gradient test yöntemi ile 74 kökenin 65’i test edilen her üç karbapenem ajana karşı dirençli, dokuzu ise duyarlı bulundu. Dirençli kökenler için imipenem, meropenem ve ertapenemin hem MİK50 hem de MİK90 değerleri >32 mg/L saptandı. Duyarlı dokuz kökenin hiçbirisinde blaOXA-48, blaNDM ve blaKPC saptanmadı. Karbapenem dirençli olan 65 kökenin 57’sinde (%87.7) blaOXA-48, 15’inde (%23.1) blaNDM, 4’ünde (%6.2) blaKPC saptandı. 11 (%16.9) kökende blaOXA-48 ve blaNDM birlikte saptandı. Dirençli 65 kökenin 54’ü ikinci saatte ertapenemi hidrolize ederken 11 kökende yanlış negatif sonuç elde edildi. Yöntemin ikinci saatteki duyarlılık ve özgüllük oranları sırasıyla %83.1 ve %100 olarak hesaplandı. Dirençli kökenlerin tamamı dördüncü saatte ertapenemi hidrolize etti. Yöntemin dördüncü saatteki duyarlılık ve özgüllük oranı %100 olarak hesaplandı. Karbapenem duyarlı kökenlerin hiçbirisi iki ve dört saatlik inkübasyonlarda ertapenemi hidrolize etmedi. Sonuç: Çalışmamızda en sık saptanan karbapenemaz tipi %87.7 oranı ile OXA-48 olup bunu ikinci sıklıkta %23,1 oranı ile NDM izlemektedir. Kökenlerin 11’inde OXA-48 ve NDM birlikte saptandı. Hastanemizde KPC ilk defa bu çalışmada saptandı. Geliştirilen yöntemin ikinci saatteki duyarlılık oranı dördüncü saate göre daha düşük saptandı. İki saatlik inkübasyon sonrası 11 kökende yanlış negatif sonuç elde edildi. Bu kökenlerin tamamında OXA-48 saptandı. Yine bu 11 kökenin üçünde eş zamanlı olarak NDM’nin de bulunduğu belirlendi. Laboratuvarda klinik örneklerden gram negatif bakteriler soyutlandığında; geliştirilen bu yöntem karbapenemaz aktivitesini rutin duyarlılık testlerinden daha kısa sürede aynı gün içerisinde (2-4 saatte) saptamaya olanak sağlamaktadır. Eş zamanlı olarak birden fazla köken çalışılabilir. MALDI-TOF MS ile karbapenemaz aktivitesinin saptanması, henüz gelişme aşamasında olan hızlı, ucuz, umut verici bir yöntemdir.