Yabani (C reticulatum) ve kültür nohut (C arietinum)'larında Fusarium oxysporum f sp cicerisin 0 nolu ırk etmenine karşı dayanıklılık genlerinin RNASeq ile karşılaştırmalı transkriptom analizi
Proje no. 23253 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2022
Özet
Nohut (Cicer arietinum L.), Leguminosae familyasına ait olup, Papilionoideae alt familyasından, 732 Mbp genom büyüklüğüne sahip, kendine döllenen, diploid (2n=2x=16) kromozomlu, ekonomik değeri yüksek bir bitkidir.<br /> Nohutta en önemli biyotik stres faktörlerinden birisi de Fusarium solgunluğudur. İklim koşullarının uygun olduğu yıllarda %100 ürün kayıpları meydana gelmektedir. Her ne kadar kültürel önlemler uygulansa da, bu hastalıkla savaşımda, ıslah yolu ile dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesi en geçerli yol olarak görülmektedir. Genlerin saptanmasında kullanılan metodlardan birisi de, ilgili genlerin, kontrol uygulamaya göre eksprese (ifade) edilmesidir. Differential gen expresssion (DGE) analysis olarak adlandırılan bu metotta, hassas ve dayanıklı genotiplere hastalık uygulanmakta, mRNA’lar izole edilerek, cDNA’lara dönüştürülmekte ve sonuçta cDNA’lar sekanslanarak, aralarındaki mRNA expresyonu farklılıkları saptanmaktadır. Bitki materyali olarak, 118O840 nolu TÜBİTAK projemiz kapsamında, dayanıklı ve hassas olarak saptadığımız C. arietinum (kültür) ve C. reticulatum (yabani) genotipleri kullanılacaktır. Kültür ve yabanilerin, kontrol ve hastalık uygulanmış gruplarından, mRNA izolasyonu yapılacak ve bu mRNA’lar cDNA’ya dönüştürülecektir. cDNA’lar Next Generation Sekanslamaya (NGS) gönderilerek, kontrol ve uygulama yapılmış gruplar arasındaki mRNA sekansları DGE analizi ile belirlenecektir. Bu sekanslara, RealTime PCR ile doğrulama yapılacaktır.<br /> Özgün değer olarak; nohutta yapılan çalışmalarda, Fusarium hastalığına karşı dayanıklılığı kontrol eden genlerle ilişkili gen ekpresyonuna dair bir çalışmaya rastlanılmamıştır. Diğer yandan, Fusariuma dayanıklılıkla ilişkili QTL çalışmalarında açılan F2 populasyonlarını elde etmek için, WR315 genotipi kullanılmış ve açılan popülasyonlarda 100-200 adet DNA markörü kullanılarak, QTL haritalamaları gerçekleştirilmiştir. Geçmişte yapılan çalışmalarda, tek genotip ile dayanıklılık taranmasında, tek tip genotip, kaynak olarak kullanılmıştır. Ancak planlanan bu proje ile direkt olarak mRNA’ların izolasyonuna dayalı olarak, dayanıklılık genleri tespit edilecektir.