Türk Saanen Keçilerinde Süt Kalite Özellikleri ile İlgili PPARA ve PPARG Aday Genlerinin Biyoinformatik Değerlendirmesi
Proje no. 20593 · Durum: Kapanmış · 2019
Özet
Biyoinformatik, biyolojik problemlerin çözümünde bilişim teknolojilerinin kullanılması esasına dayanır ve biyolojik olayların moleküler düzeyde açıklanmasına yardımcı olur. Biyolojik sistemler ve olaylar hakkında toplanan bilgilerin sağlıklı biçimde değerlendirilmesi; biyoloji yanında biyokimya, kimya ve tıp ile bilişim bilimleri, matematik ve istatistiğin entegrasyonunun sonucu doğan yeni ve disiplinler arası bir bilim dalı olan biyoinformatik sayesinde mümkündür. Biyoinformatik bir araştırma olan bu çalışmada üretici elinde bulunan Türk Saanen keçilerinden alınan kanlardan izole edilen DNA örneklerinden PPARA ve PPARG genlerine ait DNA dizileme yapılmıştır. Elde edilen DNA dizileri gen veri bankalarına yüklenmiş diziler ile karşılaştırılarak tek nükleotid polimorfizmleri araştırılmıştır. Biyoinformatik programlar aracılığı ile elde edilen gen dizilimleri ve muhtemel gen varyantlarının aminoasit dizilimi ve protein yapısı ile olası etkilerinin tahminlenmesi yapılmıştır. Laktasyonun belirli dönemlerinde alınan süt örneklerinde her iki genin gen ekspresyon düzeyleri Real Time PCR ile tespit edilerek, süt örneklerinde bazı kalite parametreleri (kuru madde, yağ, gerçek protein, toplam protein, laktoz, yağsız kuru madde, donma noktası, somatik hücre sayısı) araştırılmış ve gen varyantları ile kalite parametreleri arasında ilişki ortaya çıkarılmıştır. Bu proje ile süt verimi bakımından öne çıkan Türk Saanen'i keçilerinin, verim parametrelerinin yanı sıra incelenen özellik bakımından genetik bilgilerinin de elde edilmesiyle, damızlık seçiminde isabet derecesini artırmak mümkün olabilecektir. Bu bağlamda, gelecekte Türk Saanen keçilerinin gen bankası verilerinin oluşturulması, Saanen keçileri ile genetik ilişkileri hakkında bilgi elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, PPARA, PPARG, Aday genler, Türk Saanen keçisi