PİYASADA SATIŞA SUNULAN HAYVAN YEMLERİNDEN İZOLE EDİLEN ASPERGİLLUS TÜRLERİNDE RİBOTOKSİN ÜRETİMİNDEN SORUMLU GEN BÖLGESİNİN ARAŞTIRILMASI
Proje no. 594 · Durum: Kapanmış · 2016
Özet
Çalışmamızın amacı piyasada satışa sunulan hayvan yemlerinden izole edilen Aspergillus genusuna ait türlerde ribotoksin gen bölgesinin varlığının araştırılmasıdır. Yapılan çalışmalar incelendiğinde ribotoksin üretici funguslar arasında Aspergillus genusuna ait türlerin fazlalığı dikkati çekmektedir. Ribotoksinler, protein sentezi inhibisyonuna ve apoptozis ile hücre ölümüne yol açan, 28S rRNA’nın büyük ölçüde korunmuş sarcin/ricin domainindeki fosfodiester bağ üzerinde oldukça spesifik bir nükleolitik aktivite sergileyen ribozom inaktive edici proteinlerin bir ailesidir. Çalışmamızda Ege Bölgesinde büyükbaş ve küçükbaş hayvan yemi satan yerlerden alınan 16 hayvan yemi örneği kullanılmıştır. Bu yem örneklerinden izole edilen fungusların tümünün fenotipik yöntemler ile tanısı yapılmış ve bunlardan 27 adet Aspergillus genusuna ait izolatın tanısı genotipik yöntemler ile doğrulanmıştır. Genotipik tanı amacıyla, funguslarda korunmuş gen bölgesi olan ITS gen bölgesi için spesifik universal primerler olan ITS1 ve ITS4 primerlerinin kullanıldığı polimeraz zincir reaksiyon (PCR) yöntemi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri dizi analizine gönderilmiştir. Analizden gelen sekans sonuçları Finch TV (Blast) ve ApE programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Tür tayini, araştırmacıların kullanımına açık olan Gen Bankası’nın https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (NCBI) web sayfasında, nükleotid dizilerinin kıyaslanarak benzerliklerinin incelenmesi ile yapılmıştır. Bu incelemeler sonucunda 27 Aspergillus izolatında 13 farklı Aspergillus türü tespit edilmiştir. Genotipik olarak tanısı yapılan tüm Aspergillus suşlarında ribotoksin gen bölgesinin varlığını araştırmak amacıyla, funguslarda ribotoksin gen bölgesi için spesifik olduğu belirtilen KQ1-KQ2 primerleri ile PCR yapılmıştır. Elde edilen tüm ürünlerin sekans analizi yapılmış ve NCBI sayfasında sonuçlar incelenmiştir. Sonuçta 27 izolattan bir Aspergillusclavatus türünde mitogillin ailesinden cytotoxin clavin/c-sarcin ve bir Aspergillus fumigatus türünde mitogillin ailesinden Aspf 1 ribotoksin gen bölgesi varlığı tespit edilmiştir. Ayrıca ribotoksin gen bölgesine spesifik primerlerle yapılan PCR sonrasında Aspergillus aculeatus türünde elde edilen PCR ürününün dizi analizi sonuçlarına göre Aspergillus aculeatushypothetical proteine ait kısmi mRNA ile %95 dizi homolojisi gösterdiği saptanmıştır.Her geçen gün yeni ribotoksin çeşitlerinin keşfedildiği düşünülürse ileride yapılacak çalışmalar bu protein bölgesinin de ribotoksinlerle bağlantısı olabileceğini düşündürmektedir.