Asma bitkisinde Vitis vinifera L ABC Proteinlerinden PDR alt ailesinin ifade analizi
Proje no. 20042 · Durum: Kapanmış · 2018
Özet
ATP bağlayıcı kaset (ABC) taşıyıcı genleri, evrimsel olakarak yüksek oranda korunmuş, tüm organizmalarda bulunan en büyük membran protein sınıflarından biridir. Ökaryotik ABC taşıyıcılarının tipik bir yapısı, korunmuş iki alandan oluşur: bir transmembran alanı (TMD) ve bir nükleotit bağlama alanı (NBD). Ökaryot ABC taşıyıcıları, sekans benzerliği ve alan organizasyonuna göre yedi ana ailede (ABCA - ABCG) sınıflandırılır. PDR alt ailesi ABCG'nin tam yapı üyelerinden oluşur. Genel olarak, PDR'ler kütiküler lipidleri ve balmumlarının üretimini veya taşınmasında görev almaktadır. ABA, JA, sitokininler ve oksinler gibi farklı hormonların taşınmasından sorumludurlar. Ayrıca, abiyotik ve biyotik tepkilere katılırlar. Farklı meyve gelişim aşamalarında ve farklı dokularda ifadeleri değişkendir Bu tezçalışmasında, farklı gelişim dönemlerinde alınan meyvelerden elde edilen toplam RNAlardan cDNAlar sentezlenmiş ve PDR gen ailesine ait genlerin ifade analizleri Real-time PCR tekniği ile analiz edilmiştir. MEGA10 programı ile filogenetik ağaç oluşturulmuş ve fonksiyonları hakkında fikir sahibi olmak için STRING veritabanını kullanarak etkileşime girdiği diğer proteinler belirlenmiştir. VvABCG31, VvABCG37, VvABCG42, VvABCG45’in kütikular lipitlerin ve süberin taşınmasında, VvABCG33, VvABCG34, VvABCG59 ve VvABCG61’in lignin biyosentezinde. VvABCG36 ve VvABCG46’nın çiçeğe özgü kütinlerin taşınmasında görev aldığı ve çiçeklerin oluşması ve dökülmesinde rol aldığı düşünülmektedir. VvABCG32’nin ksenobiyotik detoksifikasyonunda, VvABCG48’in oksine bağlı hücre desenlenmesinde ve mantarlarla kökler arasında kolonizasyonda, VvABCG49’un etilene bağlı gelişim süreçlerinde, VvABCG51’in yağ asitlerinin taşınmasında görev alabileceği düşünülmektedir. VvABCG56’nın sinyal metabolizmasında ve çeşitli sekonder metabolitlerin taşınımında görev alabileceği düşünülmektedir. VvABCG47’nin plazma membranı ve kloroplast zarında lokalize olabileceğini ve çeşitli proteinlerin taşınımında görev alabileceği düşünülmektedir. VvABCG58’in klorofil sentezi ve taşınmasında görevli olabileceği düşünülmektedir. VvABCG35, VvABCG38, VvABCG39, VvABCG44, VvABCG60 ve VvABCG62’nin ABA’ya bağlı sinyal yolağında görev alabileceği, VvABCG40’ın ABA’nın taşınmasında taşıyıcı protein olarak görev yapabileceği düşünülmektedir. VvABCG52, VvABCG53, VvABCG54, VvABCG55, VvABCG57, VvABCG63 proteinlerinin birlikte hareket ettiği, ABA’ya yanıt verdiği ve çeşitli yağ asidi ve sterollerin metabolizmasında ve taşınmasında görev alabileceği düşünülmektedir.