Cicer ve Lens türlerinin kloroplast DNA dizilerinin Next Generation Sequencing ile sekanslanması ve genom organizasyonlarının belirlenerek karşılaştırmalı genom analizlerinin gerçekleştirilmesi
Proje no. 20981 · Durum: Kapanmış · 2020
Özet
Nohut ve mercimek insan beslenmesinde protein ve besin elementleri kaynağı olarak kullanılmaktadır. Ayrıca bu iki baklagil türünün gen kaynağı da Türkiye dir.<br /> Kloroplast DNA sı fotosentez için önemli bir moleküldür ve bu molekül metabolik enerji üretiminden sorumlu, kendi genetik materyalini, aminoasitlerini, yağ asitlerini ve kendi membranlarına ait lipit yapılarını sentezleyen ve karbondioksitin karbonhidrata fotosentetik dönüşümünü sağlayan prokaryotik orjinli bir organeldir. Fotosentez mekanizmasına ek olarak nişasta üretimi, bazı amino asitlerin ve yağların üretimi, çiçekler için gerekli olan bazı renk pigmentlerinin üretimi, azot ve sülfür metabolizması için gerekli olan vitamin ve bazı temel maddeleri sentezleyen genleri içermektedir.<br /> Yapılan literatür taramalarında nohut ve mercimek kloroplast DNA larının dizilerinin henüz çıkarılmadığı anlaşılmıştır. Bu nedenle bu projenin özgün olduğunu düşünmekteyiz.<br /> Projede nohut’a ait 4 tür ve mercimeğe ait 6 türün kloroplast DNA ları izole edilecek ve kloroplast genom sekansları çıkarılacaktır. Elde edilecek sekans ham verileri Cicer arietinum ve Lens culinaris kloroplast DNA sekans bilgileri referans olarak kullanarak kloroplast DNA genomları saptanacaktır. Genom annotation ile kloroplast DNA larında hangi genlerin var olduğu belirlenecektir. Ayrı ayrı türlere ait olan kloroplast DNA ları MultiLagan programı ile alt alta hizalanacak ve kloroplast genomları arasındaki sekans bazındaki farklılıklar ortaya konacaktır.<br /> Yapılan literatür açlışmalarında gerek Cicer ve gerekse Lens yabani türlerinin kloroplast genomlarının sekanslanmasına ilişkin herhangi bir yayına rastlanmamıştır. Bu yönü ile özgün olduğunu düşünmekteyiz.<br /> Kloroplast genlerin 100 kopya halinde lduğu düşünüldüğünde yüksek expresyon seviyesine sahip oldukları anlaşılmaktadır. Dolayısı ile buradan elde edilecek olan bilgileri kloroplast DNA sı konusunda yeni projelerin yapılmasına bilgi sağlayacaktır.