Crohn hastalarından adherent invaziv Escherichia coli AIEC suşlarının izolasyonu genotiplendirilmesi ve qPCR ile miktar tayini
Proje no. 20252 · Durum: Kapanmış · 2018
Özet
Amaç: Adherent invaziv Escherichia coli (AIEC), özellikle Crohn hastalığı (CD) olmak üzere enflamatuar bağırsak hastalıklarının (IBD) patogenezinde rol oynar. Bu çalışmanın amacı, klinik önemi olan AIEC suşlarının virülans faktörlerini izole etmek, tanımlamak, genotiplendirmek ve karakterize etmektir. Yöntemler: 24 aktif CD hastasından ve 15 sağlıklı kontrolden (HC) ileal ve kolon biyopsileri toplanmıştır. E. coli suşları standart biyokimyasal testlerle tanımlanmıştır ve MALDI-TOF (bioMerieux, Fransa) sistemi ile doğrulanmıştır. AIEC fenotipleri, yapışma, invazyon ve makrofaj içinde hayatta kalma deneyleri ile belirlenmiştir. Genetik virülans faktörleri ve genotipleme özellikleri sırasıyla PCR ve PFGE ile belirlenmiştir. E. coli suşlarının bolluğu ve antibiyogram profili sırasıyla qPCR ve VITEK® 2 (bioMerieux, Fransa) otomatik sistemi ile belirlenmiştir. Bulgular: 17 CD hastasından ve 14 HC'den E. coli suşları izole edilmiştir, bunların 10'u (%59) ve 7'si (%50) AIEC suşu olarak belirlenmiştir. CD'lardan izole edilen AIEC olmayan suşlara kıyasla sırasıyla r ve ratA genlerinin AIEC ile ilişkili en önemli genetik belirteçler olduğunu ve HC p = 0.0119, 0.0094 olduğu bulunmuştur. CD hastalarından elde edilen E. coli suşlarının çoğu, en az bir antibiyotiğe karşı HC'ye (%29) kıyasla antibiyotik direnci (%71) göstermiştir. AIEC benzeri suşlar, AIEC benzeri olmayan suşlara (%53) ve (%21) kıyasla antibiyotiklere karşı daha dirençlidir. Sonuçlar: AIEC suşları ile AIEC olmayan suşlar arasında chuA ve ratA virülans genlerinin prevalansı ve antibiyotik direnç profilleri açısından önemli farklılıklar belirlenmiştir. Ek olarak, CD hastalarından izole edilen AIEC suşlarının, sırasıyla %80, %14 HC'den izole edilen AIEC suşlarına göre penisilin/beta laktam ve aminoglikozit antibiyotiklere karşı daha dirençli olduğu bulunmuştur.