Vibriozis etkeni Vibrio harveyi'nin Real-Time PCR ile hızlı tanılanması
Proje no. 22524 · Durum: Kapanmış · 2021
Özet
Su ürünleri yetiştiriciliğinde mikrobiyal hastalıklardan kaynaklanan kayıpları önlemek için etken patojenin doğru ve hızlı karakterizasyonu, hastalığın teşhisi ve tedavisi açısından büyük önem taşımaktadır. Günümüze kadar birçok balık türünde, kültüre alınarak ve geleneksel bakteriyolojik teknikler kullanılarak Vibrio harveyi’nin fenotipik karakterizasyonu ve oluşturduğu hastalıklar sırasında meydana gelen anatomik ve histopatolojik bulguların belirlenmesi üzerine çalışmalar yürütülmüştür. Yakın geçmişte 16S rRNA analizlerinin yaygınlaşmasıyla birlikte bu tip patojenlerin moleküler tanılamaları üzerine de oldukça fazla sayıda çalışmalar yapılmıştır. Ancak Vibrionaceae familyası üyeleri genotipik ve fenotipik olarak sınıflandırılması oldukça güç bir gruptur. Bu çalışmanın amacı V. harveyi'nin tanımlanması için toxR geninin taksonomik bir belirteç olarak kullanılmasına dayalı etkili qPCR temelli bir yöntemin optimize edilmesidir. Bu kapsamda ToxR geni için primer ve prob, V. harveyi'ye özgül olarak tasarlanmıştır. Geliştirilen türe özgü primer setleri ile DNA izolasyonundan amplifikasyonuna kadar 4 saatten az süren Real-Time PCR sonuçları ile V. harveyi izolatlarında ToxR gen fragmentinin pozitif amplifikasyonunu ortaya çıkarırken diğer Vibrio genusu üyelerinden gelen DNA’lar da amplifikasyon gerçekleşmemiştir. Bu proje çalışması sonucu optimize edilen yöntem V. harveyi ile Vibrio spp’nin hızlı, hassas bir şekilde ayrımı ve identifikasyonunu sağlamıştır. RT-PCR, geleneksel yaklaşımlar ile ayırt edilmesi zor olan birbiri ile yakından ilişkili patojen bakterilerin tanımlanması için kolay, hızlı ve düşük maliyetli bir yöntem sağlayarak su ürünleri yetiştiriciliğinde önemli bir ilerlemeyi temsil etmektedir.