Aminoglikozit Dirençli Bakterilerde rRNA Metiltransferaz Enzimi İçin Aptamer Geliştirilmesi ve Karakterizasyonu
Proje no. 23068 · Durum: Kapanmış (Yayın bekleniyor) · 2021
Özet
Bakterilerde antibiyotiklere karşı artan direnç gelişimi, ülkemizde ve tüm dünyada karşılaşılan önemli bir problemdir. Son yıllarda artış gösteren çoklu ilaç direnci hastalıkların tedavisinde önemli sorunlara neden olmaktadır. Uygun olmayan antibiyotik kullanımı bazı durumlarda bakterilerin birden fazla antibiyotiğe karşı direnç geliştirmesine sebep olmakta ve geliştirilen tedavilere yanıt alınamamaktadır. Plazmidler, üzerinde çok sayıda antibiyotik direnç geninin bir arada bulunabilmesi, direncin hızla yayılmasına ve birçok antibiyotiğin de klinik kullanımdaki başarısını etkilemektedir. Bu sebepten uygulanacak olan antibiyotik tedavisinin özenle oluşturulması gerekmektedir. Direnç mekanizmasının varlığını ya da yokluğu belirlemek tedavi süreci için kritik bir basamaktır.<br /> Dünya Sağlık Örgütü tarafından tüberküloz, endokardiyal ve meningeal enfeksiyonlar ve veba dahil olmak üzere bakteriyel enfeksiyonların tedavisi için aminoglikozit grubu antibiyotikler, kritik öneme sahip antimikrobiyaller olarak listelenmiştir. Bu antibiyotiğe karşı geliştirilen direnç mekanizması plazmit ile aktarılabildiği için hızlı bir şekilde bakteriler arasında yayılabilmektedir. Bu nedenle aminoglikozit dirençliliğinin takibi çalışmanın hedefi olarak belirlenmiştir. Bu hedef doğrultusunda çalışmanın amacı ise aminoglikozit dirençliliğinin saptanması için sensör molekül olarak aptamer geliştirilmesidir. 16S rRNA metil transferaz enzimi aminoglikozit direncinde etkin rol oynayan enzimlerdendir. Enzim ribozomu metilleyerek, aminoglikozitin tanslasyonu bloke edici etkisini engellemektedir. Bu nedenle bu enzimin varlığını saptanabilmesi ve takip edilebilmesi, dirençliliğinde saptanıp takip edilebilmesine olanak sağlamaktadır.<br /> Tez çalışması içerisinde dirençliliğe neden olan 16S rRNA metil transferaz enzimi E.coli ‘ye klonlanarak aktif enzim olarak elde edilecektir. SELEX metoduyla aptamer kütüphanesi taranarak enzim için uygun aptamer geliştirilecektir. Elde edilen aptamerlerden en iyi afiniteye sahip olanlar karakterizasyon için sekanslanacaktır. Karakterizasyonu yapılan yüksek afiniteli aptamer sayesinde dirençliliğe neden olan enzim işaretlenmiş olunacaktır.<br />