İZMİR İLİNDE TOPLANAN ÇEVRESEL ÖRNEKLERDE ACANTHAMOEBA SPP., NAEGLERİA FOWLERİ VE BALAMUTHİA MANDRİLLARİS ARAŞTIRILMASI
Proje no. 174 · Durum: Kapanmış · 2018
Özet
Çalışmamızda, İzmir ilinin farklı bölgelerinden toplanan su, toprak ve sürüntü örneklerinde insanlar ve hayvanlar için patoejen olan serbest yaşayan amipler (SYA) Acanthamoeba spp., N. fowleri ve. B. mandrillaris’in varlığının non-nutrient agarda (NNA) kültür ve kantitatif real time PCR (qPCR) yöntemi ile araştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca, Acanthamoeba pozitif örneklerde sekans analizi yapılarak patojen genotiplerin belirlenmesi hedeflenmiştir. İzmir ilinin 23 farklı ilçesinden su (n=148), toprak (n=35) ve sürüntü (n=20) (klima, göz yıkama ünitesi, lavoba, pencere) örnekleri toplanmıştır. Toplanan su örneklerine membran filtrasyon işlemi uygulanmış ve filtrenin yarısı, toprak ve sürüntü örnekleri NNA plağında kültüre edilmiştir. Ayrıca, filtrenin diğer yarısı ve toprak örneklerinden direkt DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve qPCR yöntemi plazmid kontrolleri ile standart eğriler oluşturulduktan sonra konsantrasyonları belirlenmiştir. Acanthamoeba spp. pozitif örnekler için patojen genotipleri belirlemede sekans yöntemi kullanılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. İncelenen örneklerden, su 71/148’i (%47,97), toprak 24/35’ü (%68,57) ve sürüntü 4/20’ü (%20) örneklerinin SYA için NNA kültür yöntemiyle pozitif olarak tespit edilmiştir. Acanthamoeba spp. su %12,16 (18/148), toprak %25,71 (9/35) ve sürüntü %5 (1/20) örnekleri NNA kültür yöntemiyle pozitif bulunmuştur. Su örneklerin %55,5’i (n=10) ve toprak örneklerinin %77,7’si (n=7) 1 M mannitol osmolaritede ve 42°C’de çoğalma gözlenmiştir. Ayrıca, bir sürüntü örneğinde 0,5-1 M mannitol osmolaritede, 37 ve 42°C’de çoğalma gerçekleşmiştir. qPCR yöntemi ile; su örneklerinde Acanthamoeba spp. ve N. fowleri sırasıyla %18,24 (n=27), %2,7 (n=4) oranında pozitif bulunurken ve B. mandrillaris hiçbir örnekte tespit edilememiştir. Toprak örneklerinde ise Acanthamoeba spp., N. fowleri ve B. mandrillaris sırasıyla %45,71 (n=16), %17,4 (n=6) ve %20 (n=7) oranlarında pozitif olarak tespit edilmiştir. Acanthamoeba spp., N. fowleri ve B. mandrillaris’in kantitatif miktarı, su kaynaklarında sırasıyla 1,4x102 - 3,2x105, 11x102 - 8x103 plasmid kopya/litre ve toprak örneklerinde 6x102 - 18x105, 9x103 - 8x102 ve 39x103 - 47x104 plazmid kopya/gr arasında tespit edilmiştir. Ancak, su örneklerinde qPCR yöntemi ile B. mandrillaris saptanamamıştır. Su, toprak ve sürüntü örneklerinde sırasıyla %51,85 (n=14), %56,25 (n=9) ve %100 (n=1) oranlarında Acanthamoeba spp.’in T4 genotipi saptanmıştır. Su örneklerinin %22,22’si (n=6) genotip T5, %14,81’si (n=4) genotip T2, %11,11’i (n=3) genotip T15 olarak, toprak örneklerinin ise %25’i (n=4) genotip T5, %18,75’i (n=3) genotip T2 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, gerçekleştirilen tez çalışması, İzmir ilinde insan temasının en fazla olduğu yerlerden toplanan çevresel örneklerde qPCR yöntemi ile Acanthamoeba spp., N. fowleri ve B. mandrillaris’in saptanması ve kapsamlı ilk çalışma olması açısından önemlidir. Türkiye’de ilk kez toprak örneklerinde qPCR yöntemi ile N. fowleri ve. B. mandrillaris’in varlığı ortaya konulmuştur. İnsanlarda ve hayvanlarda en yaygın patojen olan Acanthamoeba T4 genotipinin riskleri göz önünde bulundurulmalıdır. Su örneklerinde ikinci kez T5 genotipi belirlenmesine rağmen, Türkiye'de ilk kez toprak örneklerinde tespit edilmiştir. Bu nedenle insanların su ve toprak ile temaslarındaki gizli tehlikenin varlığı hakkında bilgilendirilmelidir. Ayrıca bu bölgedeki klinisyenler ve halk sağlığı çalışanları arasında bu konu hakkında farkındalık arttırılmalıdır.