BEYAZ ŞAPKALI KÜLTÜR MANTARI (AGARİCUS BİSPORUS) GENOMUNDA ABC PROTEİNLERİNDENPDR ALT AİLESİNİN BİYOİNFORMATİK ANALİZ VE İFADE PROFİLİ
Proje no. 1250 · Durum: Kapanmış · 2017
Özet
Bu çalışma ile beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus), “Agaricus bisporus genome browser” ve çeşitli biyoinformatik veritabanları kullanılarak ABCG alt protein ailesine ait üyelerin tanımlanması ve sonrasında çeşitli gelişim dönemlerine ait şapka ve saplarda bu belirlenen genlerin Real-time PCR yöntemi kullanarak ifade analizleri amaçlanmıştır. ATP bağlayan kaset taşıyıcıları (ABC) membran proteinleri en büyük ve çeşitlenmiş protein ailelerinden birisidir. ATP Bağlanan Kaset taşıyıcı proteinler (ABC); bitkinin gelişiminde ve patojenlere karşı savunma mekanizmasında rol alan çeşitli özgül maddeleri taşımasında görev alırlar. Pleiotropik ilaç dirençi (PDR) alt protein ailesi, ilaç direnci, sterol alımı, strese cevap, zayıf organik asit ve terponoidlere tolerans, mebran fosfolipidlerinin translokasyonu ve “quorum sensing” de rol oynamaktadır. Bu tez çalışmasında Agaricus bisporus, beyaz şapkalı mantar genomunda, 7 adet PDR alt ailesinine ait proteinler biyoinformatik analizler ile tanımlanmıştır. Beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus Bisporus) genomunun biyoinformatik analizi ile AbPDR proteinlerini kodlayan genler (AbPDRs) belirlenerek filogenetik ağaç oluşturulmuş ve farklı organlarda bu genlerin ifade seviyeleri belirlenmiştir.