Bioinformatic Analysis of LEA Genes in Stout Camphor Tree (Cinnamomum micranthum f. Kanehirae)
Makaleler > Tam Makale · 2024
Yazarlar: Tamer Kuşaksız, Tevfik Hasan Can
Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University, Uluslararası, 2024
Özet
LEA proteinleri bitkilerin abiyotik streslere karşı tepkilerinde önemli bir role sahiptir. Lauraceae ailesine aittıbbi ve aromatik bir bitkiolan Cinnamomum micranthum f. Kanehirae veya Stout Kafur ağacınıngenom dizisi yakın zamanda tamamlandı. Stout Kafur genomunda çalışmalar olmasına rağmen LEA genleri ile alakalı herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle bu çalışmada biyoinformatik araçlar kullanılarak Stout Kafur genomunda yer alan LEA genlerinin genom çapında analizinin yapılması amaçlandı. Stout Kafur genomunda 57 LEA geni (CmiLEA) tanımlandı. CmiLEA filogenetik analize göre 8 ayrı kümeye ayrıldı. CmiLEA'nın subselüler lokalizasyonları incelendiğinde daha çok sitoplazmada lokalize oldukları bulundu. Yalnızca bir miRNA hedefleyen toplam 13 gen tanımlandı. CmiLEA’ da toplam 23 genin sadece ekzon bölgelerine sahip olduğu ve intronsuz olduğu tespit edilmiştir. Toplamda 35 korunmuş motif belirlenirken, CmiLEA-42'de yalnızca bir korunmuş motif vardı. 3B yapı sonuçlarına uygun olarak LEA_2 alt ailesinden CmiLEA-21, CmiLEA-31, CmiLEA-44, CmiLEA-45 ve CmiLEA-57 %90'ın üzerinde doğruluk gösterdi. Bu çalışma, Cinnamomummicranthum f. kanehirae bitkisinde LEA genleri ile ilgili yapılmış ilk biyoinformatik çalışma olup, Cinnamomum cinsinde gelecekte ileri fonksiyonel analizler için bir temel oluşturabileceği düşünülmektedir.