Biyoinformatik yaklaşımlar ile SARS-CoV-2 lider sekansını hedefleyen bitki kökenli mikroRNA’ların terapötik potansiyelinin değerlendirilmesi
Makaleler > Tam Makale · 2026
Yazarlar: Şebnem KAVAKLI YILDIZ
Ege Tıp Dergisi, Hakemli Üniversite Dergisi, Ulusal, TR Dizin (Ulakbim), 2026, cilt 65, ss 321-328
DOI: 10.19161/etd.1893363
Özet
<p>Amaç: Covid 19; pandemi ve neticesinde yüksek mortaliteye neden olan önemli bir viral hastalıktır. Yüksek mutasyon oranlarına sahip olduğundan hastalık tam olarak kontrol altına alınamamaktadır. Bu çalışmada bitki mikro RNA’larının tohum sekans bölgeleri ile SARS-CoV-2 genomu lider sekansı arasındaki bağlanma durumları biyoinformatik olarak incelenmiş ve böylece miRNA terapileri için bitki kökenli olası terapötik ajanların belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: NCBI virüs veri tabanından referans SARS-CoV-2 genomu ve lider sekansı belirlenmiştir. miRBase ve TargetScan veri tabanlarında daha önce kayıtlanan olgun bitki miRNA’ların sekansları alınmıştır. Referans lider sekans ve bitki miRNA'ları arasında kümeleme (CLUSTER) analizi gerçekleştirilmiştir. Tohum sekans bağlanma skorları ve hibridizasyon serbest enerjileri (ΔGhibrit) tespit edilmiştir. Bulgular: Gerçekleştirilen kümeleme analizleri SARS-CoV-2 lider sekansını hedefleyen miRNA’ların üç ana kümede toplandığını göstermiştir. Birinci kümede en yüksek negatif hibridizasyon değerleri bulunmaktadır. İkinci ve üçüncü kümelerdeki miRNA’lar daha zayıf hibridizasyon enerjileri ve daha heterojen bağlanma özellikleri göstermiştir. Sonuç: Bitki mikro RNA’larının SARS-CoV-2 lider sekansı üzerindeki bağlanma durumları incelendiğinde; Oryza sativa (pirinç) bitkisi miRNA’sının bağlanma kararlılığı nedeniyle SARS-CoV-2 miRNA terapi çalışmaları için etkili olduğu anlaşılmıştır. Elde edilen bulgular SARS-CoV-2 lider sekansını hedefleyen miRNA’lar arasında belirgin bir fonksiyonel tabakalaşma olduğunu ve yüksek afiniteye sahip sınırlı sayıdaki miRNA’nın potansiyel olarak kritik bir düzenleyici rol üstlenebileceğini ortaya koymaktadır</p>