Bazı Böcek Türlerinde Olası Fukoziltransferazların Biyoinformatik Belirlenmesi Ve Karakterizasyonu
Bildiriler > Özet Bildiri · 2023
Yazarlar: Sadiye Oylum, Savaş İZZETOĞLU, Gamze TURGAY İZZETOĞLU
25. Ulusal Biyoloji Kongresi, Türkiye, İzmir, Ulusal, Sözlü Sunum, Özet Bildiri, 2023-2023, ss 141-141
Özet
<p>Giriş ve Amaç: Fukoziltransferazlar (FUT), fukoz şekerini GDP-fukoz (guanozin difosfat-fukoz) donör substratından alıcı bir substrata ekleyen (fukozillenme) enzim grubudur. Fukozillenmiş glikokonjugatlar selektin ile ilişkili lökositlerin damar dışına çıkması, limfositlerin tutunması, patojen-hasta ilişikleri ve sinyal iletimi gibi birçok biyolojik olaylarda görev almaktadır. Tüm ABO kan grup antijenleri, fukozlu glikanları içermektedir. Ayrıca, anormal fukozillenmiş glikanların kanser ve iltihaplı romatizma gibi patojenik hastalıklar ile de ilişkileri gösterilmiştir. Önceki çalışmalar artan fukozilasyonun hücrenin kansere dönüşümünün bir işareti olduğunu ve kanser gelişimi sırasında kontrolsüz hücre proliferasyonu, tümör hücresi invazyonu, anjiyogenez, metastaz, immün kaçınma ve tedavi direnci gibi birçok anormal olaylarda etkili olduğunu ortaya çıkarmıştır. Memelilerde FUT1 ve FUT2 (α-1,2-fukoziltransferazlar), FUT3- FUT7 (α-1,3-fukoziltransferazlar), FUT8 (α-1,6-fukoziltransferazlar), FUT9-FUT11 (α-1,3- fukoziltransferazla), POFUT1 (Protein O-fukoziltransferaz 1) ve POFUT2 (Protein Ofukoziltransferaz 2) olmak üzere 13 fukoziltransferaz gen ailesi tanımlanmıştır. Mevcut FUT çalışmaları çoğunlukla memelilerle ilişkilidir. Böceklerde ise çalışmalar daha az sayıda olup, FUT tipleri türlere göre karakterize edilmemiştir. Amacımız böceklerde bulunan FUT’ların, memelilerde bulunan FUT gen ailesinden hangileri ile ortak gen yapısına sahip olduğunu belirlemek ve transkriptom verileri bulunan böceklerde FUT’ların belirlenmesi ve karakterize edilmesidir. Gereç ve Yöntem: Genomları bilinen böceklerin, veri tabanlarından elde edilen transkriptomlarından (tüm mRNA dizileri) FUT motif dizileri veri tabanları (Clustal Omega, Prosite ve MEME-Suite/FIMO) aracılığıyla tespit edilerek böceklerdeki olası fukoziltransferazlar belirlenmiştir. Böceklerdeki fukoziltransferazlar, memelilerdeki 13 fukoziltransferaz dizileri ile karşılaştırılmıştır. Daha sonra memelilerdeki fukoziltransferaz enzimlerinin üç boyutlu protein yapılarıyla karşılaştırılarak (Swiss-Model, AlphaFold ve pyMol veri tabanları) aralarındaki benzerlikler ortaya çıkarılmıştır. Bulgular ve Sonuç: öceklerdeki fukoziltransferazlarda bulunan motiflerde memelilerdekilerle benzerlikler elde edilmiştir. Motif ve üç boyutlu yapı karşılaştırma bölgelerine göre, Callosobruchus maculatus türünde 13 fukoziltransferazın tümü bulunurken, Galleria mellonella türünde FUT1 ve FUT9, Manduca sexta türünde FUT1, FUT4, FUT5, FUT8 ve FUT11, Myzus persicae türünde FUT2, FUT3, FUT5, FUT6, FUT7, FUT9, FUT10 ve FUT11 motifleri karakterize edilmiştir. Böcekler ve memelilerdeki fukoziltransferaz motiflerinin benzerlikleri evrimsel açıdan ontolog genler olabileceğine işaret ederken, ayrıca bu konuda gelişimsel ve evrimsel yeni çalışmaların yapılacağının göstergesidir.</p>